Тот факт, что пъезик щелкает при параллельном подключении к трубке, указывает на работоспособность трубки.
Но так подключать не рекомендую. У пъезоизлучателя довольно значительная емкость и при каждом щелчке эта емкость, заряженная до напряжения питания, разряжается через трубку. Такой режим работы приведет к быстрой деградации счетчика.
Вход у atmega8 весьма высокоомный. Также там имеются защитные диоды на питание и землю, так что каких нибудь дополнительных защит ставить не требуется.
Попробуйте поиграть номиналом резистора R5 в сторону увеличения (можно для настройки просто включить вместо него переменный резистор 100 кОм). Также может потребоваться подобрать емкость С4.
Импульс, поступающий на вход atmega8 должен иметь амплитуду и длительность достаточные, чтобы вызвать прерывание контроллера, тогда все заработает.

