После активации каждый сертификат становится "самостоятельным". Естественно, р12 для каждого свой. В будущем продление любого сертификата производится отдельно.
Смысл объединения позывных состоит только в том, что в разделе "Application" заявка на DXCC автоматически создаётся с использованием связей всех объединённых позывных. И не более того.