Была такая проблема с WSJT, пока не подобрал версию OmniRig. С версией 1,16 заработало стабильно. С другими, - постоянные глюки.
С JTDX такого не наблюдается. Стабильно работает без задержек при любой версии OmniRig. FakeIt не использую. Применяю Split Operation - Rig