Выглядит как обрыв одного из проводов звукового кабеля, сигнал есть но очень слабый по уровню, на индикаторе уровня похоже собственный шум звуковой карты.
Положение регулятора уровня приема запоминается в JTDX.INI файле, возможно из-за запуска разных версий он поломан, но его Вы уже удаляли.
Еще может в операционке микшироваться сигнал с другого устройства, с более высоким уровнем.