Ага! Ну вот и причина сразу стала ясна:
Вы используете для формирования CW OmniRig - у Вас CW/PTT и CAT на одном ком-порту. При этом лог для установки/сброса питания на ножках RTS/DTR обращается через технологию COM (не путать с ком-портом!) к ОмниРигу. А это очень зависит от загрузки системы. От сюда и сбои. Выход только один: CW/PTT сделать на отдельном КОМ-порту. Тогда и проблемы исчезнут.