Постоянно устанавливаю новые версии JTDX поверх старых версий, никаких настроек не удаляю. Все работает. Windows 7. Сейчас версия 64 бита, но раньше была 32. Удалял настройки руками только один раз, когда Игорь просил об этом при установке новой версии.
А разве настройки не в ini-файлы записываются при помощи Qt-класса для предназначенного для этого?