В последнем релизе я менял только поиск по дипломам. К сохранению связи это никакого отношения не имеет.
Вот это сделано:
галочка Setup->Вкладка По умолчанию->Compact databases when exit стоит? Если нет - поставьте, выйдите из лога, опять войдите и попробуйте внести связь.
Добавлено через 18 минут
Куда нужно выходить из окна Esc? Закрывать окно и переходить в QSOEntry?