Ну как я предполагал:
На компе определено 2 порта: СОМ3 и СОМ4 (РТТ)
когда лог загружается первым он забирает на себя СОМ4 - приложения работают...
Приложения CWTYPE или jt65-hf-comfort в это время отдыхают... СОМ4 для них не доступен..
Если их запускать по отдельность - все работает...
Omni-Rig тоже поставил...