Николай! Если у Вас сейчас работает - и дальше будет работать. Я посмотрел исходники JTDX и нашел проблему - в JTDX инициализация Омнириг происходит весьма странным способом, от сюда и проблема. Нашел как обойти это.
У Вас проблема к вышеописанной отношения не имеет - почему у Вас один и тот же трансивер и в Омнириг и в JTDX выбран на разных COM-портах. У Вас как так получается?
Омнириг имеет смысл выбирать ТОЛЬКО если другие варианты не работают! Если CatHX работает - однозначно нужно пользоваться им! Но в данном случае я не понимаю, как он у Вас работает!)))