AGC в трансивере должна быть включена всегда. Дело в том, что если сигнал превышает уровень срабатывания АРУ и оно не срабатывает, НЧ сигнал начинает искажатся. Вот почему Вы и видите искажения.
Усиление РЧ у меня выставлено так, что S-метр всегда показывает 9+20дБ. В таком случае АРУ срабатывает только тогда, когда сигнал превышает 9+20дБ. Обычно это бывает тогда, когда вещает сосед. Плюс по диапазонам аттенюатром выравнен уровень шума (город, шумит сильно), напр. на 40м -12 или -18дБ.
Динамический диапазон трансивера в полосе пропускания около 40дБ, так что правильные установки приёмника важны для неискажённого приёма.
Уровень усиления аудио карты должен быть выбран такой, что при большом уровне сигнала, когда уже срабатывает АРУ и НЧ сигнал максимальный, индикатор в программе показывал около 80 и не заходил в красный сектор.