И правильно не учитывает. Членство в LoTW дается на один позывной, остальные сам пристегиваешь, тем более, дроби.
У меня, к примеру, учетная запись на RK3FW, но зарегистрированы позывные на RK3FW/QRP и RK3FW/3. Все на одной учетке висит - только надо указать вариант при выгрузке.