Что то вообще не понимаю, что у Вас сделано: виртуальная пара COM6 - COM16, на COM16 у Вас FlDigi, на COM6 - трансивер?
Далее идет разделение COM3 на COM3 и COM5 - на COM5 - ОмниРиг, но куда COM3 идет?
В общем есть глубокое подозрение, что проблема тут.