У меня так и было. Вечером все ОК - выключил - а утром включаю-уже не ОК :s8:. Проработал 6 дней нормально, на 7 отказал энкодер. Я его и промывал и пытался настроить-ни в какую. Может дело в деформации рифленого отражателя? Один фотоприемник должен открываться а, другой закрываться и этот принцип вероятно нарушается. На рисунке видно как выглядит форма импульсов во времени.

