Ну да. Например, у длинной линии в одну сторону волновое сопротивление положительное, а в другую - отрицательное. Ну это как пример, тут ничего противоестественного. Надо только выбрать направление положительной оси и смотреть, куда ток течет или волна бежит. Соответственно, мощности и энергии имеют разные знаки.
Если взять самый общий произвольный случай, то энергия может перемещаться изнутри "чего-то" наружу (знак плюс) и снаружи внутрь "чего-то" (знак минус). Теорема Пойнтинга выражает баланс поступающей в это "что-то" и расходуемой из этого "чего-то" энергий, которые выражены через соответствующие мощности. Естественно, что баланс всегда сходится в нуль, исключений не бывает.
Знак плюс или минус автоматически получается при вычислении потока вектора Пойнтинга через ту поверхность, которая это "что-то" ограничивает. При этом положительная нормаль всегда смотрит изнутри наружу. Если энергия внутри этого "чего-то" рассеивается в тепло, то знак всегда плюс. Это элементарно. Аналогично учитываются и знаки сторонних сил, действующих внутри этого "чего-то" (если они там присутствуют).
Я не совсем запутал? Могу ссылочкой кинуть на хорошую книжку по электродинамике.
На скане страничка из конспекта, я его на старости лет сделал себе для личного пользования и частенько туда заглядываю -)) Векторные величины обозначены полужирным.
Вложение 236469

