Куда хотите, но для сохранности баз лучше ставить на другой диск. Тогда можно всегда восстановить все базы, после переустановки Windows.
По WSJT-X. Когда у Вас всё запустилось есть такая картина
По самому интерфейсу закладка Settings.
1-Иконка для запуска WSJT-X.
2-Должен выбран путь к wsjtx.exe.
3-Для управления OmniRig (галка на SWL не нужна).