Это ошибочно. WSJTInterface можно запускать независимо от лога, например с ярлыка на рабочем столе и в любой последовательности. Просто в Быстром запуске для удобства.
По-поводу нестыковки. Желательно бы видео с момента запуска и работы программы, чтобы оценить "масштаб катастрофы", а так просто будем гадать.
Забыл. Обязательное условие это запуск WSJT-X, JTDX, MSHV непосредственно из WSJTInterface. Если запускать всё отдельно, то стыковки не будет.