Если в WSJTInterface выбрано Control OmniRig, то после закрытия программы она пытается запустить ранее отключенное управление в UR5EQF от omnirig. А так как лог уже закрыт, то результат непредсказуем, я такой вариант не учитывал. И учтите если первым закроете лог, то при следующем старте лога будет отключён omnirig.
P.S.
Сейчас попробывал такой вариант закрытия программ, всё закрылось без проблемм.